Luís Figueiredo de Lemos, 7.º Bispo do Funchal, Porto Santo e Arguim, após o incêndio no antigo paço, mandou construir nova sede episcopal a partir de 1594. Jerónimo Jorge, mestre de obras reais, que trabalhava nas defesas da cidade do Funchal, foi contratado para os novos planos.

Desse edifício, apesar de várias alterações e adaptações, ainda sobrevive o corpo poente, sobre a actual praça do Município e a Rua do Bispo, onde são ainda visíveis, em cantaria da ilha, as armas reais.

A simplicidade da construção, voltada sobre a rua do Bispo, com a presença de janelas e portadas a ritmos incertos, revela uma vontade de despojamento arquitectónico, que melhor se afirma nas suas linhas maneiristas na Capela de São Luís de Toulosa, que remata o conjunto das edificações. No lintel do portal de entrada da capela lê-se a inscrição latina: LVDOVICUS* EP.VS* FVNCHALENSIS* e a data 1600, correspondendo provavelmente ao inicio das obras. A fachada voltada a norte, à actual Praça do Município, apresenta uma loggia tipicamente maneirista, pela sua estrutura de sucessão de arcarias de capitéis e arquivoltas de duplo recorte, num rés-do-chão e primeiro andar.

D. António Teles da Silva, Bispo do Funchal, realizou obras de melhoramentos entre 1675 e 1682.
É conhecida a sua vocação de coleccionador de obras de arte, tendo possuido, por exemplo, um par de talhas chinesas, hoje na Sé Catedral do Funchal.

Durante o bispado de D. José de Sousa Castelo Branco, no início do século XVIII, novas obras de adaptação foram feitas, incorporando mesmo os espaços contíguos do antigo Seminário, denominado então colégio de São Luís, que funcionava sob a orientação dos Jesuítas. O Seminário nessa altura transitou para edifício próprio, ainda hoje existente, na rua do mesmo nome no Funchal.

Grandes obras voltam a ser realizadas após o terramoto de 1748 no Funchal. Devido ao estado de ruína do Paço Episcopal, o Bispo, D. João do Nascimento, que acumulava desde 1747 o cargo de Governador, foi viver para o Palácio de São Lourenço.

O novo projecto para o Paço Episcopal foi entregue ao mestre de obras reais, Domingos Rodrigues Martins.
Uma parte das obras devia estar concluída em 1751, altura em que o Bispo deixa o Palácio de São Lourenço para o novo Governador, o Conde de São Miguel, D. Álvaro José Xavier Botelho e Távora.

Deve datar já da década seguinte a conclusão das obras, com a colocação do painel azulejar historiado a azul e branco, de uma oficina lisboeta, na torre Avista Navios. Apresenta a sequência das três virtudes teologais, Fé, Esperança e Caridade, com emolduramento de motivos vegetalistas e concheados, datável do fim do segundo quartel do século XVIII

O conjunto ficou assim harmonizado por bloco central, de cantaria basáltica da ilha com janelas rasgadas no andar superior, sobre o portão principal, em que está inscrita, na cantaria, a data de 1750.

A partir de 1913 até 1942, o Paço Episcopal passaria a funcionar como Liceu do Funchal. A norte do edifício, no que hoje corresponde a uma significativa parte da Praça do Município, existia uma cerca privada do Paço.
Praticamente intacta desde meados do século XVIII, ainda conserva no pátio de honra, chão de motivos geométricos a preto e branco, de pedras de calhau rolado. A escadaria monumental faz-se por lanço único que se desdobrava em duas direcções, hoje reduzida a uma, onde se abrem óculos elípticos de efeito barroco.